液质联用仪在食品检测中有广泛应用，现在的人们对食品的要求不再停留于美味和饱腹上，更增加对它营养价值、健康成分、保健性能等方面有了更高的要求，为了满足要求，人们需要对产品进行分析研究，通过科学地认识食品来提高食品生产技术和人们的健康幸福指数。
首先是，食品中残留农药或兽药和的分析。果蔬产品或肉质产品的原材料是动植物，它们生长过程中难免会用到药物，正确处理可以避免药物残留，如果残留过多会对产品质量产生影响危害人类健康。高灵敏度的液相色谱仪和质谱仪的联用仪器可以对特定成分进行分析，保证测定物质的含量在标准线一下。将食品样品溶解无有机溶液中，进样口自动进样，人们可以通过分析色谱图及质谱图得到结果。
其次是，有害添加物的定性、定量分析。食品生产中为了改善它的风味和物理特性，人们会加入食品添加剂，它们的加入量有明确规定，超过标准会对人体健康造成影响。它们的含量多数处于低水平状态，单独使用液相色谱仪无法准确获得结果，人们需要增加质谱检测分析。有的物质不易分离或者稳定性差，无法通过气相色谱仪或者其它仪器分析，液质联用仪可以很好地发挥作用。
最后是，功能性成分的研究。有的食品药品具有保健功能，人们可以利用仪器分析其中的有效成分，通过分析得到加入量的最佳值并在以后得生产中加以利用。这其中涉及未知成分的分析和未知含量的分析，既能定量又能定性的仪器可以选择液质联用仪。有的活性物质在一段时间后会失去效用，通过质谱图或色谱图的动态分析可以得到这个有效的时间，为今后的生产提供有用数据。
